La carrera de Ingeniería de Sistemas surgió a partir de la experiencia de la Universidad EAFIT con los programas tecnológicos, específicamente con la tecnología de Programación de Computadores. Desde luego la carrera se concibió de manera independiente a esta tecnología, pues se trató de crear la cuarta carrera en su género en Colombia y la primera en el occidente colombiano. Como contraste con otras carreras similares existentes, la Universidad EAFIT puso como fundamento la combinación armónica entre la orientación hacia la ingeniería y los insumos de tipo administrativo, hecho derivado de una larga tradición institucional con carreras relacionadas con administración de negocios, y de necesidades detectadas en organizaciones públicas y privadas.
Investigaciones que se realizaron en su momento mostraron que la mayoría de las aplicaciones en el corto y mediano plazo caían en el área de los sistemas administrativos. EAFIT, reconociendo la infraestructura y el posicionamiento de su programa de administración, de la ausencia de programas de ingeniería de sistemas en Antioquia y de la ausencia en el país de un programa con énfasis en los sistemas administrativos, decide crear INGENIERÍA DE SISTEMAS en el año 1975.
A la par con el nacimiento de la carrera, la Universidad EAFIT creó un centro de informática con el propósito de ofrecer apoyo computacional apropiado, no sólo a los sistemas administrativos, sino a las actividades académicas de la institución.
Los continuos avances de las tecnologías informáticas y de comunicaciones, TIC, hacen que la Universidad EAFIT dentro de sus políticas de administración y mantenimiento de la carrera, defina como estrategia la continua remodelación y actualización de los equipos de cómputo que soportan la labor docente e investigativa. Es así como en la actualidad la Universidad EAFIT cuenta con laboratorios de investigación, laboratorios como recurso pedagógico, salas de computadores y equipos de apoyo a la docencia. Esto es de particular importancia porque define el rumbo de la Universidad EAFIT en el mundo de la computación, característica que de manera creciente se ha incorporado a la cultura organizacional.
En relación con la investigación, la carrera ha tenido un vertiginoso crecimiento, fruto de los planes y estrategias de desarrollo de la Universidad. En la actualidad, la carrera cuenta con los siguientes grupos de investigación: Línea de Informática Educativa, Teleinformática, Realidad Virtual, Desarrollo de Software y Sistemas de Información. Adicionalmente varios de sus profesores participan en grupos y proyectos de investigación con otros departamentos y centros académicos tanto al interior de la Universidad como por fuera de ella.
En 1985, se inicia un estudio sobre el currículo, teniendo en cuenta las características y evolución de la ingeniería en el medio como el auge de los microcomputadores, la comunicación de datos(redes), la automatización de oficinas, la aproximación del usuario hacia la tecnología informática y la creación de nuevas empresas productoras de software y servicios de informática cada vez más accesibles y masivos.
En 1988 se realizó una reforma para dar respuesta a los cambios y características de la época. Los continuos cambios que la carrera ha sufrido a partir de ese momento son parte de su razón de ser y política de acción. En 1997, se realizó una nueva reforma para introducir el esquema de flexibilización del currículo y las líneas de énfasis. En el año 2000 se llevó a cabo el proceso de acreditación del programa de Ingeniería de Sistemas, obteniendo como resultado la "Orden a la Educación Superior y la Fe Pública Luis López de Mesa".
En el año 2004 se hizo otra reforma de acuerdo con las necesidades del medio y del mundo de la tecnología informática, para ese momento.
En el año 2005 se obtuvo la reacreditación del programa por parte del Ministerio de Educación Nacional por un período de 8 años contados a partir de 2005.
En 2008 empezó a regir un nuevo currículo cuyas características principales son: reducción de la duración total del programa acorde con los países desarrollados (4 años) más un semestre dedicado a la práctica empresarial, sello original de la Universidad (en total 4 años y medio) ; un programa más flexible que permite incluso que los estudiantes cursen materias de posgrado; un semestre de práctica para laborar en las empresas, crear su propia empresa o hacer investigación de alto nivel con los grupos de investigación de la Universidad; movilidad y posibilidad de dobles titulaciones.
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